Museo Catacumbas Lima
En el Refectorio (o comedor), se encuentra la famosa colección de quince lienzos que representan a los Doce Apóstoles, a Cristo Redentor, la Virgen María y San Pablo. En el fondo de la sala se encuentra el lienzo de la Última Cena, pintado por el artista belga Diego de la Puente en el siglo XVII. En esta Última Cena versión peruana, hay elementos y personajes poco frecuentes, como el cuy como plato principal, una mesa ovalada y no cuadrada, los personajes principales o apóstoles recostados en sus divanes muy a la usanza romana.
Su riqueza bibliográfica reúne aproximadamente unos 25,000 volúmenes.
Entre ellos figuran raras ediciones Aldinas, Elzevirianas y Plantinianas; existen incunables y crónicas Franciscanas de los siglos XV al XVIII respectivamente, también un Atlas o Teatro de todo el mundo de mediado del siglo XVII, algunos tomos del primer Diccionario editado por la Real Academia de la Lengua Española, la célebre Biblia Regia editada en Amberes entre 1571–1572.
La Cripta de San Francisco
Las criptas de San Francisco, que han cobrado fama con el nombre de catacumbas por similitud con las romanas, son una serie de bóvedas subterráneas (debajo de las capillas de la iglesia), éstas se emplearon hasta principios del siglo XIX, y sirvieron de sepultura a miembros de cofradías y hermandades.
En su extenso recorrido se aprecia techos abovedados o planos unidos por pasajes y arcos de medio punto, construidas con ladrillo y cal y canto, en el piso de ellos se encuentran sepulcros rectangulares donde los féretros eran colocados unos sobre otros, separados por tierra y cal viva, para acelerar el proceso de descomposición, evitar epidemias y malos olores.
En su extenso recorrido se aprecia techos abovedados o planos unidos por pasajes y arcos de medio punto, construidas con ladrillo y cal y canto, en el piso de ellos se encuentran sepulcros rectangulares donde los féretros eran colocados unos sobre otros, separados por tierra y cal viva, para acelerar el proceso de descomposición, evitar epidemias y malos olores.
La construcción de las catacumbas franciscanas se desarrolla de acuerdo a la transformación de la iglesia. Así, antes del hundimiento del 4 de febrero de 1656, las bóvedas sepulcrales eran independientes e incomunicadas entre sí como en las demás iglesias limeñas, se hallaban bajo las naves laterales, cerradas y de propiedad de patrones y cofradías.
Con la construcción de la nueva iglesia entre 1657-1672, se abrieron los cimientos de los pilares, se excavaron todo el sector central del crucero y de la nave central. Allí se fabricaron las nuevas sepulturas en recintos sobre los pilares, y dos largos corredores paralelos bajo la nave central, así mismo, comunicaron estos espacios con las antiguas bóvedas sepulcrales independientes de las capillas mediante la rotura de los muros y pasadizos. De esta manera, quedó conformado totalmente lleno el laberinto unificado de las catacumbas de San Francisco.
